FSASH është krijuar më 26 prill 1991, si bashkim vullnetar i mësuesve, pedagogëve, shkencëtarëve dhe punonjësve të tjerë që janë të punësuar në sistemin e Ministrisë së Arsimit, Sportit dhe Rinisë dhe Akademisë së Shkencave të Republikës së Shqipërisë, pa dallim përkatësie politike e partiake, bindjesh ideologjike dhe besime fetare.

Që në fillim të vitit 1991, të gjithë punonjësit në Shqipëri, përfshirë dhe ata të sistemit të arsimit dhe të shkencës, braktisën organizatën e vjetër të Bashkimeve Profesionale dhe filluan të kërkojnë forma të reja të organizimit sindikal, duke u orientuar nga përvoja e vendeve perëndimore. Kështu, gjatë muajve janar-mars 1991, në shkollat tetëvjeçare e të mesme, në shume fakultete të Universitetit të Tiranës dhe të Universitetit Bujqësor, në institutet e Akademisë se Shkencave, u krijuan për herë të parë Këshillat Sindikale.